Me las arreglé para volcar el esquema incrustado. Lo obtuve de una página de consejos de Amarok
libmysqld.dll permite usar mysql en su programa sin configurar un servidor o cargar un deamon. También crea los mismos archivos que el servidor (directorio mysql, directorio de esquema y archivo ibdata1). Así que puse esos archivos en un directorio y le dije al deamon de mysqld linux que usara ese directorio como datadir:
mysqld_safe --user=mysql --datadir=/data/myEmbededDB --skip-grant-tables
--skip-grant-tables permitirá conectarse con cualquier usuario o contraseña
Debido a que el servidor apunta a ese directorio ahora, puedo volcar el esquema incrustado con mysqldump como cualquier otro esquema mysql. Lo mismo se aplica si desea utilizar WorkBench con un esquema creado con libmysqld.dll
Espero que esto ayude a otros usuarios de libmysqld.dll confundidos
:-)