Usar EN.
IN utilizará un índice.
O (afaik) no usará un índice.
Además, y este punto no es para estornudar, la versión IN:
- usa menos código
- es más fácil de mantener
- es más fácil de entender
Solo por esas razones, estaría preparado para sufrir un poco de rendimiento para ganar calidad de código, pero en realidad también se gana rendimiento.