Encontré una solución al problema:
Agrega el @Modifying
y @Transactional
anotaciones a su método en el Repositorio. Aquí hay un ejemplo:
@Repository
public interface ExpenseRepository extends CrudRepository<Expense, Integer>{
@Modifying
@Transactional
@Query (value="LOAD DATA LOCAL INFILE 'C:/Users/Tester/Documents/transaction_data.txt' INTO TABLE tbl_fin FIELDS TERMINATED BY ',' IGNORE 1 LINES", nativeQuery = true)
public void bulkLoadData();
}