¿Has mirado la tetera de pentaho (o la integración de datos de pentaho)? http://kettle.pentaho.org/
lo usamos para copiar y mantener sincronizados sistemas de bases de datos dispares, como mssql<->mysql, que parece ser lo que está solicitando.
hervidor es incluso más potente que eso, lo que le permite consultar bases de datos ldap, archivos de texto directo, etc...
su herramienta de diagramación es similar en apariencia a dts de microsoft (pero más potente, en mi humilde opinión)
