Dado que está viendo una combinación bastante uniforme de tráfico de lectura/escritura, InnoDB es la mejor opción. Los bloqueos de tabla completa de MyISAM en cada escritura probablemente serían un asesinato. MyISAM funciona mejor con más del 90 % de lectura o más del 90 % de situaciones de escritura.
Creo que eso se menciona en MySQL de alto rendimiento