La segunda consulta se ejecuta como una "búsqueda en lenguaje natural", ya que es el valor predeterminado cuando no se especifica ningún tipo de búsqueda en lenguaje natural. Este tipo de filtros de búsqueda también filtra automáticamente las palabras que están presentes en el 50% o más de las filas.
"EN MODO BOOLEANO" hace este filtrado adicional y, por lo tanto, puede devolver coincidencias si está buscando un término común.
Si debe usar o no una búsqueda booleana depende de los detalles de su situación y no se puede determinar sin más información. Sin embargo, algunas consideraciones pueden incluir el tamaño del conjunto de datos de entrada en comparación con el tamaño del conjunto de datos coincidentes que desea obtener y si desea obtener resultados para las palabras que aparecen con frecuencia.
(Ref:http://dev.mysql.com/ doc/refman/5.1/en/fulltext-search.html )
