Me parece una tarea para LEFT OUTER JOIN, así:
SELECT parent.name, COUNT(product.item_id),
(select count(*) from Category parent2
where parent.lft > parent2.lft
and parent.rgt < parent2.rgt) as depth
FROM Category parent
LEFT OUTER JOIN Category node
ON node.lft BETWEEN parent.lft AND parent.rgt
LEFT OUTER JOIN Item_Category product
ON node.category_id = product.category_id
GROUP BY parent.name
ORDER by node.lft
De este modo, se asegura de que se muestren todas las categorías. Tenga en cuenta que no estoy 100% seguro.
EDITAR:Se agregó una subselección para la profundidad, pruébalo.
EDITAR:coma eliminada