Lo que suelo hacer es almacenar todos y cada uno de los ALTER TABLE ejecutar en las tablas de desarrollo y aplicarlas a las tablas de destino siempre que sea necesario.
Hay formas más sofisticadas de hacer esto (como herramientas de comparación de estructuras y demás), pero creo que esta práctica funciona bien. Hacer esto manualmente paso a paso también ayuda a evitar la alteración o destrucción accidental de datos por cambios estructurales que modifican el tipo o la longitud máxima de un campo.
