InnoDB ha existido desde MySQL 4.0 y se ha compilado en la mayoría de las versiones, excepto en algunas especiales, como la que se proporciona a los proveedores de OEM.
Algunos proveedores de alojamiento (muy baratos) eligen desactivarlo porque usa un poco más de memoria. Sin embargo, en su mayor parte son una minoría, por lo que no debería preocuparse.
La redacción "motor de almacenamiento predeterminado" tampoco debería preocuparle. Eso solo significa lo que sucede cuando no especifica uno. es decir,
CREATE TABLE my_table (a int);
- instead of -
CREATE TABLE my_table (a int) ENGINE=INNODB;
Si está restaurando desde mysqldump, conservará la información de ENGINE. Si InnoDB no existe, MySQL sustituirá automáticamente MyISAM (a menos que cambie el sql_mode predeterminado para evitar esta sustitución).