¿La cadena contiene "\r\n" (como en 0x0D 0x0A) o la cadena literal '\r\n'? Si es el primero, esto debería eliminar cualquier salto de línea.
$json = preg_replace("!\r?\n!", "", $json);
Opcionalmente, reemplace el segundo parámetro "" con "
" si desea reemplazar las líneas nuevas con una etiqueta br. Para el último caso, intente lo siguiente:
$json = preg_replace('!\\r?\\n!', "", $json);