Insertar en índices en general mata el rendimiento. Es mejor que elimine el índice antes de insertar datos y vuelva a indexar después de la inserción.
De http://forum.percona.com/s/m/983/ :
Consulte también http:/ /www.mysqlperformanceblog.com/2007/05/24/predicción-cuánto-tardaría-la-carga-de-datos/ y http://www.linuxtopia.org/online_books/ database_guides/mysql_5.1_database_reference_guide/insert-speed.html .