Habiendo trabajado con ambos, debo decir que las limitaciones y/o errores en MySQL fueron un gran desvío para mí... No me gusta PHP, y aunque respeto a la comunidad de código abierto por sus avances con estas dos tecnologías Simplemente no puedo ver la elegancia en la forma en que ninguno de ellos ha sido ensamblado. Pero no dejes que mi gusto personal influya en tu juicio contra MySQL.
Realizo todos mis prototipos en SQL Server Express y la mayoría de mis clientes usan SQL Server 2005 completo. La facilidad de transición de uno a otro hace que no tenga que pensarlo dos veces:puedo tomar cualquier cosa que escribí para SQL Server Express y póngalo directamente sin preocuparse de que la sintaxis pueda ser diferente. Las dos limitaciones ni siquiera interfieren en un entorno de desarrollo:solo cuando se llega a la producción tienden a ser un problema.
Para mí, SQL Server gana la discusión sin lugar a dudas.