¿Los guiones bajos en los nombres de una tabla MySQL causan problemas?

No. Los guiones bajos son perfectamente legales en los nombres de las tablas.

Esta página aquí en la documentación de MySQL le indica qué caracteres están permitidos.

Básicamente:

Personalmente, tiendo a quedarme con minúsculas a-z, el número ocasional y guiones bajos. Pero como dijo @Vince, es solo una preferencia personal.