La única solución que he encontrado que es generalmente aplicable es desarrollar una serie de prefijos y aplicarlos a las tablas (por ejemplo, las tablas relacionadas principalmente con Recursos Humanos comenzarían todas con hr_). Generalmente llevo los prefijos a otros "objetos" en la aplicación (formularios, informes, vistas, procedimientos almacenados).
Esta solución está lejos de ser perfecta y es algo así como un truco, pero trae un mínimo de orden al sistema.