mysqlhotcopy no funciona en ciertos casos en los que se pierde el bloqueo de lectura y no funciona con tablas INNODB.
mysqldump es más utilizado porque puede realizar copias de seguridad de todo tipo de tablas.
De la documentación de MySQL
mysqlhotcopy es un script de Perl que originalmente fue escrito y contribuido por Tim Bunce. Utiliza LOCK TABLES, FLUSH TABLES y cp o scp para hacer una copia de seguridad de la base de datos rápidamente. Es la forma más rápida de hacer una copia de seguridad de la base de datos o tablas individuales, pero solo se puede ejecutar en la misma máquina donde se encuentran los directorios de la base de datos. mysqlhotcopy solo funciona para realizar copias de seguridad de tablas MyISAM y ARCHIVE. Funciona en Unix y NetWare
El mysqldump client es un programa de copia de seguridad escrito originalmente por Igor Romanenko. Se puede usar para volcar una base de datos o una colección de bases de datos para hacer una copia de seguridad o transferirla a otro servidor SQL (no necesariamente un servidor MySQL). El volcado normalmente contiene instrucciones SQL para crear la tabla, llenarla o ambas cosas. Sin embargo, mysqldump también se puede usar para generar archivos en formato CSV, otro texto delimitado o XML.
Adiós.
