¿Cómo puedo hacer que emacs sql-mode use el archivo de configuración de mysql (.my.cnf)?

No creo que esto sea posible, pero puede configurar esas cosas en la configuración del modo en sí:

(setq sql-connection-alist
'((pool-a
(sql-product 'mysql)
(sql-server "1.2.3.4")
(sql-user "me")
(sql-password "mypassword")
(sql-database "thedb")
(sql-port 3306))
(pool-b
(sql-product 'mysql)
(sql-server "1.2.3.4")
(sql-user "me")
(sql-password "mypassword")
(sql-database "thedb")
(sql-port 3307))))

(defun sql-connect-preset (name)
  "Connect to a predefined SQL connection listed in `sql-connection-alist'"
  (eval `(let ,(cdr (assoc name sql-connection-alist))
    (flet ((sql-get-login (&rest what)))
      (sql-product-interactive sql-product)))))

(defun sql-pool-a ()
  (interactive)
  (sql-connect-preset 'pool-a))

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