Puedes hacer algo como esto
SELECT empno, date_created, time_in, time_out,
CASE WHEN total_hours - 8 > 0 THEN total_hours - 8 ELSE 0 END overtime
FROM
(
SELECT empno, date_created, time_in, time_out,
TIME_TO_SEC(TIMEDIFF(COALESCE(time_out, '17:00:00'),
COALESCE(time_in, '09:00:00'))) / 3600 total_hours
FROM
(
SELECT empno, date_created,
MIN(CASE WHEN status = 0 THEN time_created END) time_in,
MIN(CASE WHEN status = 1 THEN time_created END) time_out
FROM biometrics
GROUP BY empno, date_created
) a
) b
Aquí está SQLFiddle demostración
Debe proporcionar valores predeterminados reales para time_in y time_out para los casos en que son NULL . En un caso extremo si NULL los s son causados por el hecho de que los empleados vienen un día y se van a casa el otro día, esos valores predeterminados pueden ser 00:00:00 y 23:59:59 respectivamente, ya que está calculando las horas extra por día calendario.
ACTUALIZACIÓN: si quieres overtime para ser presentado en formato de hora
SELECT empno, date_created, time_in, time_out,
SEC_TO_TIME(
CASE WHEN total_sec - 28800 > 0
THEN total_sec - 28800
ELSE 0 END) overtime
FROM
(
SELECT empno, date_created, time_in, time_out,
TIME_TO_SEC(TIMEDIFF(COALESCE(time_out, '17:00:00'),
COALESCE(time_in, '09:00:00'))) total_sec
FROM
(
SELECT empno, date_created,
MIN(CASE WHEN status = 0 THEN time_created END) time_in,
MIN(CASE WHEN status = 1 THEN time_created END) time_out
FROM biometrics
GROUP BY empno, date_created
) a
) b
Aquí está SQLFiddle demostración
