También enfrenté un problema de recuperación lenta (MySQL, InnoDB). Finalmente, descubrí que innodb_buffer_pool_size está configurado en 8 MB de forma predeterminada para mi sistema, lo que no es suficiente para manejar la consulta. Después de aumentarlo a 1 GB, el rendimiento parece estar bien:
Duration / Fetch
353 row(s) returned 34.422 sec / 125.797 sec (8MB innodb buffer)
353 row(s) returned 0.500 sec / 1.297 sec (1GB innodb buffer)
ACTUALIZACIÓN:
Para cambiar innodb_buffer_pool_size agregue esto a su my.cnf
innodb_buffer_pool_size=1G
reinicie su mysql para que tenga efecto
Referencia:¿Cómo cambiar el valor de innodb_buffer_pool_size en MySQL en Mac OS?