¿Qué clave principal usaste?
InnoDB usa un índice agrupado para que todos los datos estén en el mismo orden que sus índices de clave principal.
si no usa la clave primaria de tipo de incremento automático, entonces realiza operaciones de disco grandes para cada inserción. empuja todos los demás datos e inserta un nuevo elemento.
para una referencia más larga, intente comprobar http:/ /dev.mysql.com/doc/refman/5.0/en/innodb-table-and-index.html
