Lo tengo funcionando ahora.
- Instale la última versión de Connector/NET (v6.0.4.0 actualmente)
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Reemplace la cadena de conexión predeterminada en web.config con algo como:
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Debajo de la sección en web.config agregue lo siguiente (para el conector mysql 6.0.4.0 al menos), agregue
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Ejecute el proyecto, vuelva a Visual Studio y haga clic en el botón Configuración de ASP.NET sobre el explorador de soluciones.
Vaya a "Configuración del proveedor"->"Seleccione un proveedor diferente para cada función" y seleccione "MySQLMembershipProvider"
Funciona al menos para registrarse e iniciar sesión desde una base de datos mysql, MySQLMembershipProvider generará automáticamente las tablas necesarias.