1 y 2 son idénticos:ambos crean dos índices únicos, uno para cada clave. #3 solo crea un índice único en ambas claves, por lo que no se puede duplicar ninguna combinación de nombre de usuario y correo electrónico, pero, por ejemplo, se puede duplicar un nombre de usuario siempre que se use un correo electrónico diferente.
Parece que probablemente quieras cualquiera de los dos primeros. ÚNICO y CLAVE ÚNICA son equivalentes.