Iría con la opción 2. Para mí, "id" en sí mismo parece suficiente. Dado que la tabla es Usuario, la columna "id" dentro de "usuario" indica que es el criterio de identificación para Usuario.
Sin embargo, debo agregar que las convenciones de nomenclatura tienen que ver con la consistencia. Por lo general, no hay correcto / incorrecto siempre que haya un patrón consistente y se aplique en toda la aplicación, ese es probablemente el factor más importante en la efectividad de las convenciones de nomenclatura. y hasta dónde llegan para hacer que la aplicación sea más fácil de entender y, por lo tanto, de mantener.