Probablemente esté realizando solicitudes ajax, este es un problema común...
Le sugiero que use la base de datos de la sesión y haga llamadas ajax para no actualizar la sesión...
Haz esto en tu clase de sesión
class MY_Session extends CI_Session {
public function sess_update()
{
$CI =& get_instance();
if ( ! $CI->input->is_ajax_request())
{
parent::sess_update();
}
}
}