Encontré exactamente el mismo problema y perdí casi dos días tratando de resolverlo. Parece ser un error en las asignaciones de EntityFramework para MySql.
La solución es mover el DateTime.UtcNow cálculo fuera del ámbito lambda e introduzca el valor real.
var utcNow = DateTime.UtcNow;
query = query.Where(p => p.Published);
query = query.Where(p => !p.StartDate.HasValue || p.StartDate <= utcNow);
query = query.Where(p => !p.EndDate.HasValue || p.EndDate >= utcNow);
