Eliminar filas duplicadas de la tabla con unión

Si desea eliminar la ciudad duplicada con el mismo state_id (registros duplicados), puede hacerlo agrupándolos por city y state_id y usando MIN o MAX función:

Antes de eliminar la consulta, su tabla se veía como

| ID | STATE_ID |       CITY |
------------------------------
|  1 |        1 |   city_one |
|  2 |        1 |   city_two |
|  3 |        1 |   city_one |
|  4 |        1 |   city_two |
|  5 |        2 |   city_one |
|  6 |        3 | city_three |
|  7 |        3 |   city_one |
|  8 |        3 | city_three |
|  9 |        4 |  city_four |
| 10 |        4 |  city_five |

Puede usar la siguiente consulta para eliminar registros duplicados:

DELETE city_table 
  FROM city_table
  LEFT JOIN 
  (SELECT MIN(id) AS IDs FROM city_table
   GROUP BY city,state_id
  )A
  ON city_table.ID = A.IDs
  WHERE A.ids IS NULL;

Después de aplicar la consulta anterior, su tabla se verá así:

| ID | STATE_ID |       CITY |
------------------------------
|  1 |        1 |   city_one |
|  2 |        1 |   city_two |
|  5 |        2 |   city_one |
|  6 |        3 | city_three |
|  7 |        3 |   city_one |
|  9 |        4 |  city_four |
| 10 |        4 |  city_five |

Ver este SQLFiddle

Para obtener más información, consulte DELETE Sintaxis de MySQL.