No puede crear claves foráneas en InnoDB tablas que hacen referencia a MyISAM mesas.
http://dev.mysql.com /doc/refman/5.0/en/innodb-foreign-key-constraints.html
Así que sí, tendrá que hacer cumplir manualmente las restricciones del código de su aplicación si no cambia el motor de almacenamiento.
LIKE '%XXX%' las búsquedas no son de texto completo; a menos que haya especificado un índice de texto completo y esté usando funciones de coincidencia de texto completo, no necesita usar el motor MyISAM.
