La mayoría de las veces, cuando aparecen errores cuando pasamos de WAMP a LAMP, es una cuestión de distinción entre mayúsculas y minúsculas. Dado que Windows no es CS pero Linux es mucho, se puede romper.
Yo:
- Marque las mayúsculas y minúsculas en las clases/páginas que están fallando
- Verifique las reglas de .htaccess (o elimínelas temporalmente) para verificar la ausencia de errores