Puede intentar iniciar la transacción antes de la iteración y luego confirmarla en una sola transacción. Entonces, básicamente, está creando un lote que se fusionaría/persistiría en la confirmación.
Además, puede limitar la cantidad de objetos en un lote que se procesarán a la vez y puede vaciar explícitamente los cambios en la base de datos.
Aquí, está iniciando una transacción y comprometiéndola en cada iteración y también creando/cerrando el administrador de la entidad cada vez, afectará el rendimiento de numerosos datos.
Será algo como el siguiente código.
em = factory.createEntityManager();
em.getTransaction().begin();
int i = 0;
for (Object ob : list) {
Long start = Calendar.getInstance().getTimeInMillis();
em.merge(ob);
Long end = Calendar.getInstance().getTimeInMillis();
Long diff = end - start;
LOGGER.info("Time: " + diff);
/*BATCH_SIZE is the number of entities
that will be persisted/merged at once */
if(i%BATCH_SIZE == 0){
em.flush();
em.clear();
}
i++;
}
em.getTransaction().commit();
em.close();
Aquí, también puede revertir toda la transacción si alguno de los objetos no persiste/fusiona.