Preguntaste esto hace mucho tiempo, por lo que tal vez ya no sea relevante para ti, pero incluiré una forma de hacerlo aquí para beneficiar a otros.
En Workbench, abra sus propiedades de conexión. En la pestaña Conexión, seleccione la pestaña Avanzado. Allí, agregue las siguientes dos opciones a la sección Otros (obviamente, cambie la ubicación de readDefaultFile a la ubicación de su my.ini).
readDefaultFile=C:\Archivos de programa\MySQL\MySQL Server 5.7\my.inireadDefaultGroup=cliente
Ahora, las conexiones abiertas deberían leer la sección del cliente desde ese my.ini según sea necesario.
