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Mysql - ¿Cómo comparar dos objetos Json?

Puedes hacer esto usando JSON_CONTAINS :

SELECT COUNT(criteria) 
FROM my_alerts 
WHERE JSON_CONTAINS(criteria,'{"industries": ["1"], "locations": ["1", "2"]}')

Esto realiza una comparación que ignora el orden de los valores, lo cual es crítico porque MySQL reordenará las propiedades JSON para mayor eficiencia en INSERT.