No quiero que mysql convierta automáticamente String a Integer

Puedes emitir id a una cadena antes de comparar.

select * from `isps` where CAST(`id` AS CHAR) = '3ca6fb49-9749-3099-b30d-19ce56349ad6' OR `unique_id` = '3ca6fb49-9749-3099-b30d-19ce56349ad6';

Tenga en cuenta que esto ralentizará significativamente la consulta, ya que no podrá usar el índice en el id columna.