Importe un archivo .sql grande en MySQL

Aumento de wait_timeout y/o interactive_timeout debería ayudar. Primero verifique el valor actual:

C:\> mysql -hlocalhost -uroot -proot

mysql> SHOW VARIABLES LIKE 'wait_timeout';

Si es muy bajo (por ejemplo, 30 segundos), auméntelo (por ejemplo, 5 minutos):

mysql> SET SESSION wait_timeout = 300;
mysql> SET SESSION interactive_timeout = 300;

Luego ejecute su archivo SQL:

mysql> \. database.sql