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¿Cómo obtener valores únicos del campo de valores separados por comas?

De todos modos, solo con mysql si está usando php, la mejor opción es recuperar el campo y luego usar php para obtener sus valores distintos. explode() es un buen enfoque, y luego podría usar array_unique para eliminar valores duplicados.

http://us3.php.net/manual/en/function .array-unique.php

o

Podrías normalizar tu base de datos