El comportamiento que mostró anteriormente en 5.5 fue en realidad un error. Esto se solucionó en 5.6.11. Consulte las notas de la versión 5.6 .11 en el fondo. Era parte de los errores 68472 y 16394472 (que en realidad no puedo encontrar un enlace).
Si activa el explicit_defaults_for_timestamp
marcar, DEBERÍA funcionar como lo hizo en 5.5
Este fue exactamente el mismo problema que tuve con nuestra base de datos cuando actualizamos de 5.5 a 5.6.