Último inicio de sesión de MYSQL y número de inicios de sesión en los últimos 3 meses

Primero resuelve cada problema por separado:

SELECT A.UserID, MAX(TIME) AS LastLogin  
FROM UserMaster A  
LEFT JOIN UserWebActivity B
ON A.UserID = B.UserID  
AND Activity = 'Login'  
GROUP BY A.UserID

SELECT A.UserID, COUNT(Activity) AS Logins
FROM UserMaster A  
LEFT JOIN UserWebActivity B ON A.UserID = B.UserID  
AND Activity = 'Login'  
AND TIME BETWEEN (NOW() - INTERVAL 3 MONTH) AND NOW( )  
GROUP BY A.UserID

Pruébelos por separado para asegurarse de que cada una de estas consultas funcione como usted desea y ajústelos si es necesario.

Luego, cuando estés satisfecho de que ambos funcionen, une los resultados:

SELECT T1.UserID, T1.LastLogin, T2.Logins
FROM
(
    SELECT A.UserID, MAX(TIME) AS LastLogin  
    FROM UserMaster A  
    LEFT JOIN UserWebActivity B
    ON A.UserID = B.UserID  
    AND Activity = 'Login'  
    GROUP BY A.UserID
) AS T1
JOIN
(
    SELECT A.UserID, COUNT(Activity) AS Logins
    FROM UserMaster A  
    LEFT JOIN UserWebActivity B
    ON A.UserID = B.UserID  
    AND Activity = 'Login'
    AND TIME BETWEEN (NOW() - INTERVAL 3 MONTH) AND NOW()
    GROUP BY A.UserID
) AS T2
ON T1.UserID = T2.UserID

Esto permitirá que MySQL haga un mejor uso de los índices para las diferentes consultas.