Estoy de acuerdo con cgwyllie, debe escribir un servicio web que actuará como una API para su base de datos con métodos que devuelven JSON (o XML).
Los métodos del servicio web se pueden llamar desde su proyecto PhoneGap (recomendaría echar un vistazo a jquery ajax api http://api.jquery.com/jQuery.ajax/ ).
Simplemente escribiría el servicio web en PHP o cualquier idioma con el que esté familiarizado.
