Error de sintaxis SQL con subcadena y charindex

Si está utilizando SQL Server, tiene un JOIN mal formado . Y alias de tabla muy pobres. Quizás esto haga lo que quieres:

update fs
    set user_id = u.id,
        message = SUBSTRING(fs.message, 1, CHARINDEX('[', fs.message)-1)
    from edi_file_steps fs INNER JOIN
         GU_User u
         on u.login = SUBSTRING(fs.message, CHARINDEX('[', fs.message)+1, len(fs.message)- CHARINDEX('[',fs.message)-1 )
    where message LIKE '%Downloaded%' ;

EDITAR:

En MySQL, esto sería:

update edi_file_steps fs INNER JOIN
       GU_User u
       on fs.message like concat('%[', u.login, ']%')
    set user_id = table_B.id,
        message = substring_index(fs.message, '[', 1)
    where message LIKE '%Downloaded%' ;