Usa lsof -i TCP:3306
o netstat -lp | grep 3306
para averiguar lo que ya está escuchando en el puerto 3306; algo debe estar escuchando en él.
Podría considerar fijar el servidor en un puerto diferente (edite my.cnf y cambie el puerto predeterminado allí).
Es posible que deba ejecutar esto como root, es decir, sudo lsof -i TCP:3306