Tu técnica actual parece bastante práctica. Solo un pequeño cambio.
En lugar de esperar el error y luego crear columnas una por una, puede simplemente exportar el esquema, hacer una diferencia y encontrar todas las columnas que faltan en todas las tablas.
De esa manera sería menos trabajo.
Su interfaz gráfica de usuario podrá exportar solo el esquema o el siguiente interruptor en mysqldump será útil para encontrar todas las columnas que faltan.
mysqldump --no-data -uuser -ppassword --database dbname1 > dbdump1.sql
mysqldump --no-data -uuser -ppassword --database dbname2 > dbdump2.sql
Diferenciar dbdump1.sql y dbdump2.sql le dará todas las diferencias en ambas bases de datos.
