La consulta debe ser la siguiente, se ha unido a la misma tabla y, por lo tanto, el problema del alias único. He agregado un alias de tabla para una mejor legibilidad.
UPDATE
sales_flat_order sfo
INNER JOIN sales_flat_order_grid sfog
ON sfog.entity_id = sfo.entity_id
SET sfo.coupon_code = "newcoupon"
WHERE sfog.increment_id = "12345678" ;