Especificar ORDER BY en una tabla es solo una ayuda para que el motor acelere las consultas con el mismo orden. No obligará a mysql a devolver siempre el resultado con el mismo orden.
Descrito en esto:http://dev.mysql.com /doc/refman/5.1/es/alter-table.html
"ORDER BY le permite crear la nueva tabla con las filas en un orden específico. Tenga en cuenta que la tabla no permanece en este orden después de las inserciones y eliminaciones. Esta opción es útil principalmente cuando sabe que va a consultar principalmente las filas en un cierto orden la mayor parte del tiempo. Al usar esta opción después de cambios importantes en la tabla, es posible que pueda obtener un mayor rendimiento. En algunos casos, podría facilitar la clasificación para MySQL si la tabla está ordenada por la columna que usted quiero pedirlo para más tarde".
Por lo tanto, también debe usar la expresión ORDER BY en sus consultas.