¿Qué hay de esto?
SELECT @cnt := count(*) FROM my_table;
UPDATE my_table SET random = FLOOR(@cnt * RAND()) + 1;
Demostración:http://sqlfiddle.com/#!2/a896d/4
¿Qué hay de esto?
SELECT @cnt := count(*) FROM my_table;
UPDATE my_table SET random = FLOOR(@cnt * RAND()) + 1;
Demostración:http://sqlfiddle.com/#!2/a896d/4