Ordenar el resultado de la consulta por campo desde una tabla diferente (MySQL)

Si entiendo correctamente, usaría join :

select f.*
from folders f join
     werte w
     on w.folder_id = f.id
where w.number = 2 
order by f.approved, str_to_date(werte, '%d.%m.%Y');

Como nota:si está almacenando fechas en cadenas, utilice el formato estándar ISO AAAA-MM-DD. Si usó este formato, el str_to_date() sería innecesario, porque un orden alfabético de la representación de cadenas sería correcto.

Además, si es posible que no haya una coincidencia en el werte tabla, entonces debe usar left join en lugar de inner join . Lo anterior asume que hay una coincidencia (o solo desea filas que tengan una fecha).