Cómo compensar una tabla HTML con PHP para restar el valor de celda de la primera fila del valor de celda de la segunda fila de diferentes columnas

Prueba algo similar a esto. Solo una guía, la implementación real depende de usted. También te recomiendo que uses {} en lugar de endwhile .

   <?php 
    $last_row = $mysqli_fetch_array($search_result));
    while($row = mysqli_fetch_array($search_result)){
    //this is pseudocode, you will need to convert to date objects
    $timediff = $last_row['StateStarttime'] - $row['StateEndtime'];
    ?>
        <tr>
            <td align="Center"><?php echo $row['id'];?></td>
            <td align="Center"><?php echo $row['EmpID'];?></td>
            <td align="Center"><?php echo $row['Date'];?></td>
            <td align="Center"><?php echo $row['Username'];?></td>
            <td align="Center"><?php echo $row['Computername'];?></td>
            <td align="Center"><?php echo $row['State'];?></td>
            <td align="Center"><?php echo $row['MinutesatState'];?></td>
            <td align="Center"><?php echo $row['StateStarttime'];?></td>
            <td align="Center"><?php echo $row['StateEndtime'];?></td>
            <td align="Center"><?php echo $row['Timestamp'];?></td>
            // echo $timediff
        </tr>
        <?php
        $last_row = $row;
    }?>