La forma más fácil de hacer esto es probablemente deshabilitar las comprobaciones de claves externas y luego truncar las tablas. Dado que las claves foráneas están deshabilitadas, el orden en que truncas las tablas no importa.
set foreign_key_checks = 0;
truncate table parent;
truncate table child;
truncate table ...
Incluso puede usar el esquema de información para generar las instrucciones de la tabla truncada por usted. Algo como esto:
select concat('truncate table ',table_schema,'.',table_name,';') as sql_stmt
from information_schema.tables
where table_schema = 'your_schema_name'
and table_type = 'base table';
