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PHP MySQL PDO:cómo conservar los ceros iniciales de las columnas int de relleno cero

puedes usar LPAD ?

prueba esto:SELECT *, LPAD( Id, 3, '0') AS zero_Fill_Id FROM test

debe cambiar 3 según el tamaño de int:¿quizás 4 para esta situación?

Actualización:

No creo que cambiar int a decimal sea una buena práctica, por qué no profundizaré en esto, puede buscar sobre ese tema.

Creo que usas mysqlnd controlador, lo que he encontrado al respecto (verifique si está habilitado ¿Cómo saber si MySQLnd es el controlador activo? ):

fuente:Cómo obtener tipos numéricos de MySQL usando PDO?

En este caso hay PDO::ATTR_STRINGIFY_FETCHES que en su caso debe establecerse en true , también puede intentar PDO::ATTR_EMULATE_PREPARES atributo más adelante ver:PDO MySQL:Usar PDO ::ATTR_EMULATE_PREPARES o no?

...
$pdo->setAttribute(PDO::ATTR_STRINGIFY_FETCHES, true);

Espero que esto ayude en cualquier caso o a cualquiera :))