Aquí está la solución,
los siguientes son el contenido del archivo manifest.txt
Main-Class: filename
Class-Path: . mysql-connector-java-5.1.33-bin.jar
El conector mysql-connector-java-5.1.33-bin.jar debe estar en el mismo directorio para que el archivo jar lo incluya.
Este conector se puede descargar fácilmente o se puede encontrar en la carpeta mysql en archivos de programa
Después de eso desde el cmd, se debe ejecutar el comando
jar -cvfm jarfilename.jar manifest.txt *.class
Se creará un nuevo archivo jar basado en su archivo de clase y manifiesto, luego se puede ejecutar fácilmente con un doble clic y el servidor responderá igual que en el modo cmd.
