Como señaló en la pregunta, un posible efecto secundario de la reconexión automática (si se realiza a nivel de declaración) es que no es seguro para las transacciones.
La documentación de MySQL de hecho, establece explícitamente que la función de reconexión automática afecta las transacciones:
Las aplicaciones que no están escritas para lidiar con esto podrían romperse fácilmente. La documentación también enumera una serie de otros efectos secundarios causados por la función de reconexión automática, todos los cuales podrían causar que las aplicaciones no escritas para anticipar el comportamiento funcionen incorrectamente o fallen.
Además, si la conexión a la base de datos se pierde repentinamente, es posible que el servidor no libere correctamente los bloqueos que estaba reteniendo la conexión, por lo que parece que una aplicación podría bloquearse en algunos casos:
Editar:el enlace de documentación de MySQL en la respuesta no parece existir ahora. Encuentre la documentación actualizada aquí
