Puede crear un PRIMARY
o UNIQUE
clave de varias columnas (llamada clave compuesta) en MySQL, lo que permitirá ON DUPLICATE KEY
para que funcione bien.
// create a composite index
CREATE INDEX my_composite_index ON my_table (column1, column2);
// insert or update
INSERT INTO my_table (column1, column2) VALUES ('value1', 'value2') ON DUPLICATE KEY UPDATE column3=column3+1;