¿Cómo fusionar dos bases de datos, con los mismos datos, pero con diferentes PK, sin campos duplicados?

Seleccione una UNION todas las columnas excepto las PK le darán solo filas distintas:

insert into new_table (<non-pk columns>)
select <non-pk columns> from tableA
union
select <non-pk columns> from tableB

Nota:union elimina los duplicados.